写在前面
你好，我是思考问题的熊，又是一个好久不见。展信佳～
如果你也有关注我的「熊言熊语」微信公众号，应该有看到我之前更新的近期动态文章。过去几个月，我第一次经历了两份不同工作之间的过渡期，感谢各位的耐心等待，我们的会员专属内容从本周开始恢复更新。
此外，这几个月里我也没有闲着，利用休息时间开发了一个基于大模型的文献追踪阅读小工具 InsightPaper ，因为涉及到很多付费 API 调用，后续将会根据维护成本采用订阅制方式开放。
不过，目前的beta版本已经上线测试，面向熊言熊语的newsletter订阅用户开放测试，欢迎大家在使用后直接通过我的微信(kaopu_bear)来反馈bug和建议。
关于我们的「熊言熊语」newsletter 本身，今后将不再做会员专刊版本和常规版本的区分，而是将每次的邮件通讯分为常规内容和会员订阅内容两个部分。
- 常规内容：将会和大家分享我过去几天看到的各种值得推荐的新闻、文献和书籍等内容，同时搭配我个人的工作生活感受和所思所想。读起来相对轻松，就像聊天一样没有压力。
- 会员订阅内容：将对所有付费支持我写作的朋友开放，内容依旧聚焦于肿瘤NGS相关的主题式更新和思考，主要围绕学术研究和行业前沿展开。因为写作调研花费的精力更大，自然读起来也会相应烧脑一些。
本期通讯的会员订阅内容部分将关注在2023年ESMO的MRD研究汇总，作为一期试读内容向所有读者开放。祝阅读愉快的同时略有收获。
订阅会员内容
在前一段时间的公众号里，我回顾了近期热点事件的时候用很大篇幅提到了 Cancer Cell 国内研究团队两篇「背靠背」的 MRD 研究的内容。
趁热打铁，在 2023 ESMO 举办这几天，刚好和你展开聊聊本次会议值得关注的 MRD 相关研究。emm，非常主观再加上篇幅有限，如有遗漏提前抱歉。
ESMO内容如何读
关于 ESMO 怎么读，我这里提供一个自己平时会用到的小思路供你参考。
在 ESMO 和 ASCO 这些会议中，你可能会看到如 LBA 和 MO 等的缩写，它们通常用来描述报告或研究的类型
- LBA（Late-Breaking Abstracts）：最新和重要的研究成果的摘要，通常在会议期间公布。LBA 摘要通常包含具有重大临床意义的研究结果。而且非常「重磅」的结果往往会伴随期刊同行评审的文章同步发布。
- O（Oral）：正式的口头报告形式，研究人员在会议上详细介绍他们的研究成果。O 报告通常涉及较为成熟的研究和重要的临床试验结果。
- MO（Mini Oral）：短时间的口头报告形式，研究人员在会议上简要介绍他们的研究成果。MO 报告通常涉及较新的研究或初步结果。
- P（Poster）：是一种海报展示形式，研究人员将他们的研究成果以海报形式展示在会议上。与 O 报告相比，P 展示更加简洁，通常只包括研究的背景、方法、结果和结论。
对于 LBA 和口头报告这种类型的内容，可以在报告本身的结果和内容上多一些关注。因为能够入选 LBA 和口头报告的研究，未来大概率会以还不错的 paper 形式呈现，此刻约等于你提前读了一次预印本的核心 figure 内容。
比如，在这次 ESMO LBA 报告中，来自同济大学附属上海市肺科医院的周彩存教授就同时发布了两篇第一作者的 NEJM 论文。
对于数量众多的 poster，一方面你可以用关键词搜索的方式看看同行们目前比较关注什么话题/问题，另一方面不妨把重点放在 poster 中使用到的方法技术和思路上，虽然这些 poster 内容本身有很大概率不会以高分 paper 呈现甚至就不会再被正式发表，但里面如果涉及到了新的技术/方法，那有很大概率在今后还会反复看到。
接下来，我们就一起来了解具体内容吧。
Natera 仍是 MRD 最大「显眼包」
Natera，WES 基线测序 + 个性化位点血液随访路线的排头兵，它仍然是今年 ESMO 大会专注在 MRD 领域相关厂商里最大的「显眼包」。
Natera 及其合作者总共有七份和 MRD 内容相关的摘要。小型口头报告将对日本 CIRCULATE 试验 GALAXY 观察组的 2000 多名患者进行最新分析，该试验是对可切除结直肠癌（CRC）MRD 检测进行的规模最大、最全面的前瞻性研究之一。
其它 poster 重点是 Signatera 在直肠癌、阑尾、肝细胞癌、肾细胞癌和其他实体瘤中的新数据。
558MO - Circulating tumor (ct)DNA as a prognostic biomarker in patients (pts) with resected colorectal cancer (CRC): An updated 24 months (mos) disease free survival (DFS) analysis from GALAXY study (CIRCULATE-Japan)
CIRCULATE-Japan 研究的最新数据，患者人数增加了一倍，随访时间也明显延长，这份报告证实了早些时候发表在《Nature medicine》上的研究结果，Signatera 可以帮助确定哪些可切除结直肠癌患者将从辅助化疗中获益最多
据报道，术后基于 ctDNA 的分子残留病（MRD）与高复发风险有关。该研究对前瞻性、观察性 GALAXY 研究进行了最新分析。
使用（Signatera TM ）对可切除的 CRC 患者术后 1（4 周）、3、6、9、12、18 和 24 个月至复发期间的连续进行 ctDNA 分析，主要终点是无病生存期（DFS）。中位随访时间为 16.5 个月（范围：0.1 - 31.9）。在接受 3 个月或 6 个月 ACT 治疗的所有分期患者中，MRD 阴性患者（N=606，HR：1.1，p=0.89）的生存率在两组患者中无明显差异，而 MRD 阳性患者则从 6 个月的 ACT 治疗中明显获益（N=154，p=0.002）。
在 4-12 周的 ctDNA 动态分析中，与 ctDNA 保持阴性的患者（941 人）相比，观察到转阴（22 人 P<0.001）或保持阳性（81 人 P<0.001）的患者的 DFS 明显缩短。对 II-III 期患者的 DFS 进行多变量分析后发现，ctDNA 阳性是与不良预后相关的最大预后因素（HR：11.33，p<0.001）。
Guardant DNA 甲基化 MRD 策略的「布道师」
在肿瘤 NGS 行业内，一提到 MRD，大家首先先到的是高深度的 ctDNA 突变检测，一提到癌症筛查，大家首先先到的技术会是 DNA 甲基化。
其实，使用 DNA 甲基化（或者同时结合突变）的技术策略进行 MRD 检测的思路也有一些。在国内，燃石医学曾经短暂地尝试过这类思路；鲲远也曾自己 PanSeer panel 的基础上做出了一款基于多重 qPCR 技术的肺癌 ctDNA 甲基化检测方法 LunaCAM，可以应用在肺癌的风险分层。
目前还在这个方向孩持续坚持推进的，推荐你关注 Guardant 推出的Guardant Reveal产品。
在本次的 EMSO 会议中，Guardant Reveal 参与的临床实验 PEGASUS 实验，以 LBA 的形式发表。
LBA28 - The PEGASUS trial: Post-surgical liquid biopsy-guided treatment of stage III and high-risk stage II colon cancer patients
PEGASUS 临床试验关对 III 期和高风险 II 期结肠癌患者进行术后液体活检指导治疗的价值。
使用 Guardant Reveal 进行液体活检。在术后阶段，阳性病例接受 3 个月的 CAPOX 治疗（两种化疗药物联合），LB 阴性病例则接受 6 个月的 CAPE 治疗（仅使用卡培他滨）。为了降低假阴性的风险，患者在接受一个周期的 CAPE 治疗后检测如果阳性则再次接受 CAPOX 治疗。
辅助治疗结束后，再次进行检查：如果阳性，CAPOX 治疗的患者转换为 FOLFIRI（三药联合），如果阴性，则降级为 CAPE。对于 CAPE 治疗的患者如果阳性则接受 CAPOX，如果 阴性则开始标准的随访阶段。主要终点是术后假阴性病例数量，假阴性定义是连续两次阴性且复发的病例。
共纳入 135 名患者，数据截止时，中位随访时间为 20.8 个月，阴性患者的数据完整率为 91%，阳性患者的数据完整率为 92%。35/135 例患者（26%）在手术后检测到 ctDNA，其中 12 例（34%）复发，而 100 例阴性患者中有 9 例（9%）复发，被定义为假阴性。
服用 CAPOX 3 个月后，11/35 例阳性患者转为阴性（31%），但 8/11 例复发或再次阳性。在 CAPOX 后接受 FOLFIRI 治疗的 23 例阳性患者中，12 例仍为阳性（52%），其中 6 例复发，而 11 例转为阴性，在分析时仍无复发（48%）。
此外，基于 Guardant Reveal 的 MRD 相关研究也在两篇 poster 中进行了报道。
- 310P - Longitudinal evaluation of circulating tumour DNA in early breast cancer using a plasma-only methylation-based assay
- 591P - Survival and benefit of adjuvant chemotherapy (ACT) by circulating tumor DNA (ctDNA)-based genomic profile and molecular residual disease (MRD) in resectable colorectal oligometastases (CRM): PRECISION, a prospective multicenter study
Personalis 和 Inivate MRD 产品同时登录 LBA
在上一篇 MRD 相关内容中我们提到的 Personalis 家 MRD 产品 NeXT Personal Dx，这次也带来了一篇 FBA 的内容发表。
LBA55 - An ultra-sensitive and specific ctDNA assay provides novel pre-operative disease stratification in early stage lung cancer
基于全基因组的肿瘤信息的 NeXT Personal 可以用于超灵敏的 ctDNA 检测，经分析验证，ctDNA 的检测阈值始终保持在百万分之 1-3 (parts per million PPM)以内，特异性大于 99.95%。这项研究则分析了 TRACERx 研究中 171 名早期肺癌患者的术前血浆样本。
81%的肺腺癌（LUAD）患者在术前检测到了 ctDNA，其中病理分期为 I、II 和 III 期的患者分别阳性率分别为 52%、88%和 100%；100%的非 LUAD 患者在术前检测到了 ctDNA。
在 LUAD 患者中，术前 ctDNA 水平升高与总生存期 OS 和无复发生存期（RFS）相关，与分期无关（包括 I 期患者）。重要的是，与未检测到 ctDNA 的患者相比，ctDNA 含量低于 80 PPM（最近在 TRACERx 中公布的 ctDNA 检测方法 95% lod）的 LUAD 患者的 OS 降低（P=0.002，HR=12.2）。
与之前在非小细胞肺癌中临床验证过的其他检测方法相比， NeXT Personal 作为一种超灵敏方法显示出更优越的分析性能和预后预测能力，用于指导复发风险较高的早期 ctDNA 阳性疾病的辅助治疗。
虽然 Inivate 和 Natera 的专利官司不断，自己也被 NeoGenomics 收购，但是这些都反过来说明他们的 MRD 产品 RaDaR值得持续关注。
LBA49 - mRNA-4157 (V940) individualized neoantigen therapy + pembrolizumab vs pembrolizumab in high-risk resected melanoma: Clinical efficacy and correlates of response
这次 EMSO 会议，RadaR 伴随着 KEYNOTE-942 的临床试验也登录了 LBA 类型的报告。在切除的高风险 IIIB-IV 期黑色素瘤患者中，mRNA-4157 + pembrolizumab（pembro）与单独使用 pembro 相比，延长了 RFS 和 DMFS（2 期 KEYNOTE-942；NCT03897881）。治疗开始时的 MRD 与较短的 RFS 相关。
其中，V940 是 Moderna 和 Merck 联合开发的一款 mRNA 疫苗，可以通过激活患者的免疫系统，针对其肿瘤的突变特征产生特异性 T 细胞反应，以抑制肿瘤的复发和生长.
在 LBA49 中，研究人员探索了 ctDNA 的纵向动态变化和相关临床结果，并报告了 ctDNA 状态对黑色素瘤患者 BRAF 亚组的影响。结果表明 ctDNA 与高危可切除黑色素瘤患者的治疗结果之间存在潜在关系，并支持在即将进行的计划研究中进行进一步探索。
Predicine 多种 MRD 检测方法亮相
Predicine在 2023 年的 ESMO 也同样有 6 个 Poster 发表，其中多篇内容设计到不同方法的 MRD 监控。
也许你对这家位于美国 Hayward 的公司还没有那么了解，但是这家 CEO（曾任职 Genentech 和 Novartis 的贾士东博士）和 CTO（曾供职罗诊和 Genentech 的杜攀博士）都是中国人的公司，在国内上海市奉贤区的办公室还有另外一个名字：慧渡医疗。
Predicine 的 MRD 产品同样是个性化 panel，其特点主打：
- 基线检测不局限于组织样本，
- 可以从多个维度来检测个性化突变（包括突变，基因融合和全基因组拷贝数变化）；
- LOD 可以低至 0.005%；
- 以及可以配套同步检测 500 个 actionable 突变。
在 2023 年的 EMSO 会议中，Predicine 在几个 poster 中提到了多款产品。 例如。
2397P - A real-world study of longitudinal urinary ctDNA monitoring of minimal residual disease (MRD) in patients with muscle invasive urothelial carcinoma followed in parallel with plasma based ctDNA
基于肌肉浸润性尿路上皮癌患者的尿液 ctDNA （MRD）纵向监测与血浆 ctDNA 平行随访的真实世界研究。
在本研究中，对 30 名高危膀胱癌和 UTUC 患者进行了基于组织信息的血液和基于尿液信息的 MRD 检测，并研究了它们与临床反应的一致性。
所有有组织可用的患者都进行了 Signater 血液 MRD 检测，同时还检测了 FFPE 肿瘤组织以建立基线。根据患者接受的治疗方案，每隔不同时间采集血液和尿液样本。尿液样本使用 自家的 PredicineBEACON 进行检测，该检测使用基线尿样的尿液 PredicineWES+ 全外显子组测序结果设计个性化 MRD 追踪多达 50 个突变。
结果显示，基于尿液的 MRD 检测与基于血液的 MRD 检测高度一致。与单独的组织或血液检测相比，基于尿液的基因组分析除了方便样本采集外，还有可能捕捉到更多泌尿道恶性肿瘤的异质性。对于高风险膀胱和 UTUC 患者，尿液 ctDNA 监测是支持基于组织和血浆的标准检测的有效补充检测方法。
1436P - Prospective study utilizing ctDNA genome-wide copy number variations for longitudinal monitoring of patients with advanced non-small cell lung cancer
在 1436P 中，研究招募了 69 名晚期 NSCLC 患者同时采集了基线血样，患者接受靶向治疗。大约每三个月采集一次血直到疾病进展为止。研究采用了 LP-WGS 检测方法 PredicineSCORE 来监测治疗过程中的疾病进展。
对 69 名入组患者的基线血样进行了检测，其中 12 名患者在多个随访时间点进行了纵向血样检测。
通过 ctDNA 检测，基线检测到了与 NSCLC 相关的多个基因拷贝扩增和缺失。同时还提出了血浆样本中的全基因组拷贝数 burden（CNB）作为治疗监测的一种方法。在接受纵向样本检测的 12 名患者中观察到 7 名患者在治疗过程中 CNB 下降，与临床反应相关。值得注意的是，研究还发现有两名患者在临床检测到疾病进展之前 CNB 有所上升。
基于 PredicineSCORE 的 LP-WGS 检测揭示了 NSCLC 的拷贝数负荷谱，为纵向监测治疗反应和疾病进展提供了潜在的生物标志物。
聊到这里就多说一句，除了基于突变和拷贝数进行 MRD 监控，在今年的 AACR 会议中，Predicine 还推出了基于 DNA 甲基化技术的 MRD 产品 PredicineALERT，可以通过高灵敏度检测异常甲基化 DNA 片段来评估，最大的优势就是无需基线样本和个性化的的 panel 设计。
如果你对这些内容和方法感兴趣，可以关注一下这家公司。
吉因加正式报道自家 CGP 个性化 MRD
在 Cancer Cell 自家基于 panel 的 MRD 文章发表之后，这次在 ESMO 大会上，吉因加终于跟上了大部队们个性化设计探针的步伐，报告了自己 personalized MRD 产品。
1273P - The prognostic value evaluation of a tissue Comprehensive Genomic Profiling (CGP)-informed personalized MRD detection assay in NSCLC
只不过和基于 WES 基线策略不同，他们使用的是和 Foundation 类似的策略。先基于自己的 1021 大 panel 来来鉴定体细胞突变，然后再选择 20 个个性化位点进行随访监控。名字上也没有花更多的心思，也使用了 FMI 之前文章题目里直接提到的 CGP-informed personalized MRD。
和 FMI 不同的地方在于，个性化监控同时也用了我们前面提到 Personalis, Predicine 类似的策略，同时可以针对性监控一部分肺癌相关通用重要突变位点。
值得关注的一点是，基因加在这篇 poster 中把之前固定 panel 检测的方案叫做 MNavigator V1(338 基因 panel)，把基于 1021panel 做基线的 personalized 方法叫做 MNavigator V2。
poster 中提到，MNavigator V2 通过监测 20 个变异点，样本级 LOD 为 0.005%。回顾性队列 33 名接受明确手术治疗的 NSCLC 患者进行自家产品的头对头比较，结果显示 MNavigator V2 预测复发的提前期为 143 天，比 V1 早了 15 天。V2 相比 V1 可以追踪更多突变（平均为 10 个 vs5 个）和使用更深的测序深度，进而可能提高了检测 MRD 的能力。
基于 CGP 的个性化 MRD 检测显示出较高的分析性能，临床评估表明其灵敏度优于固定 panel 检测，为临床获益提供了更大的潜力。 这种结论的发表，如果用来做宣传，未来要重点在什么方向上也就非常明显了。
燃石和至本个性化 MRD 亦有发声
除了以上提到的内容，两家国内已经明确推出类 Natera 策略产品的公司，燃石和至本，在本次 ESMO 会议中，也都有相关 poster 的发生。
- 116P - Circulating tumour DNAbased minimal residual disease detection for biliary tract cancer
- 589P - Impact of landmark point selection on molecular residual disease detection in stage I-IV resectable colorectal cancer
其中，至本在 116P 报告了自己 OriMIRACLE S MRD 产品在胆道癌（BTC）患者中的应用效果，燃石则在 589P 中讨论了 brPROPHET 产品，在结直肠癌中关于如何选择 landmark 检测时间点的问题。
以上就是本次推送的全部内容，下次再见。祝一切顺利～
如果你喜欢本期内容，作为会员计划读者可以将邮件转发给你也许同样喜欢的朋友，也欢迎推荐你的朋友加入熊言熊语会员计划。
